Al-Zaytun tidak hanya dikenal sebagai sebuah pesantren terbesar di Asia Tenggara, namun telah mulai dikenal dengan hutan kotanya, banyak pohon yang tumbuh di areal pendidikan tersebut sehingga membuat suasana sejuk dan menyenangkan bagi penghuni yang mendiaminya.
Berbagai jenis pohon itu telah mengundang berbagai jenis burung dan serangga sehingga menambah semarak suasana akibat suara yang ditimbulkan hewan tersebut. Al-Zaytun juga telah menjadi persinggahan bagi burung yang sedang bermigrasi, karena di lahan Al-Zaytun banyak waduk penampung air yang disukai burung pada saat bermigrasi.
Adanya hutan kota Al-Zaytun juga ikut andil dalam menyerap karbon di udara dan menyumbang oksigen yang banyak bagi lingkungan sekitar.
Berbagai jenis pohon tersebut, menjadi sarana belajar santri dalam rangka mengenal dan memahami karakteristik pohon sehingga suatu saat nanti ia dapat menanamnya dan melestarikannya sendiri.
Berbagai jenis pohon itu diantaranya : Zaytun, Tin Jati Emas, Eboni, Eucalyptus, mahoni, mangga, jeruk, dan sebagainya.